Auch die zweiten fünfundzwanzig Jahre des deutschen Baptismus waren immer noch in vieler Hinsicht geprägt von der Generation der Gründer. Neben Johann Gerhard Oncken sind Gottfried Wilhelm Lehmann (1799-1882) und Julius Köbner (1806-1884) als „ordnende Brüder“ des Bundes zu nennen.

Die Reichsverfassung von 1871 hatte den Baptistengemeinden keinen einheitlichen Rechtsstatus gebracht (Kultusangelegenheiten blieben Ländersache), aber die Handlungsspielräume für die Gemeinden und für die Einrichtungen des Bundes erweiterten sich spürbar. Man wurde nach außen sichtbarer.

„Ich kenne keine Parteien mehr, kenne nur noch Deutsche!“ Mit diesen Worten begeisterte Wilhelm II. im August 1914 selbst viele der sonst oppositionellen Arbeiter für seinen Krieg. Religiöse Minderheiten wie Juden und Freikirchen sahen im Krieg die große Chance, sich als Deutsche unter Deutschen zu bewähren und sich vom Makel des Andersseins reinzuwaschen.

Nach der Machtübertragung an Hitler im Januar 1933 ist zu beobachten, dass sich die Baptisten in den folgenden Monaten sehr ambivalent verhielten.

Im Jahr 1946 erschien das Anschriftenverzeichnis des Bundes Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden. Ein Vergleich mit dem infolge des Krieges letztmalig für 1939 herausgegebenen Jahrbuch zeigte gravierende Unterschiede.

Eine neue Generation leitender Geschwister übernimmt die Verantwortung im Westbund. Johannes Arndt wird 1966 neuer Bundesvorsitzender, 1973 Günter Hitzemann. 1967 wird Gerhard Claas Bundesdirektor als Nachfolger von Rudolf Thaut, der 1968 Direktor des Theologischen Seminars wird. Willi Grün wird 1965 Redaktionsleiter im Verlagshaus. Es beginnt eine Zeit der Neuordnung und Konsolidierung, weil Bisheriges instabil wurde. Verfassung, Wahlordnung und Rechenschaft vom Glauben werden neu erarbeitet.

"Eine freie Kirche in einer freien Gesellschaft" — so lautete der Titel eines Traktats, mit dem die Gemeinden in dieser Zeit für sich warben. Die Gemeinden hatten seit Beginn der 70er Jahre einen ausgesprochenen Modernisierungsschub durchgemacht. Das Sekten-Image sollte endgültig der Vergangenheit angehören. Der Zeitabschnitt wurde eingerahmt von zwei bedeutenden internationalen Ereignissen, die auch direkten Bezug zum deutschen Bund hatten: 1975 war es der Baptistische Weltkongress in Stockholm.

Dieses politisch aufregende Jahrzehnt begann 1985 mit eindringlichen Mahnungen zum Frieden: 40 Jahre nach dem Krieg veröffentlichten die Evangelischen Kirchen in Ost und West gemeinsam ein "Wort zum Frieden". Bundespräsident von Weizsäcker wagte die Hoffnung, der 8. Mai sei nicht das letzte Datum der Geschichte für alle Deutschen, wenn sie die Verpflichtung dieses Tages zu Frieden und Versöhnung beherzigten. Und die Bundesleitung des BEFG-DDR sprach angesichts des Wettrüstens von unserer Verpflichtung zum Friedensstiften.

Bereits 1991 war das Theologische Seminar der DDR von Buckow nach Hamburg umgezogen. Der Raum in der Rennbahnstraße wurde eng. Ein neu entwickeltes Gesamtbildungskonzept, das auch Fortbildungen für Ehrenamtliche einbeziehen sollte, beförderte ebenfalls das Nachdenken über räumliche Erweiterungen. Diskutiert wurde die Frage, ob das Gelände in HH-Horn dafür nutzbar sei oder ob ein neues Bildungszentrum in Hamburg, in der Mitte Deutschlands oder ganz wo anders geplant werden sollte.

Die baptistischen Gemeinden in Deutschland verstanden sich von Anfang an als Teil einer Bewegung über die nationalen Grenzen hinaus, zumal bereits durch J. G. Oncken eine enge Verbindung zu Baptisten in England und in Amerika bestand. So spielten auch der baptistische Weltbund (Baptist World Alliance, BWA, gegründet 1905) und die Europäische Baptistische Föderation (EBF, gegründet 1949) immer eine wichtige Rolle für die Baptisten in Deutschland.